Molteplici sono stati i rapporti tra Napoleone Bonaparte e l’Osservatorio di Brera; né poteva essere altrimenti perché, nel periodo della dominazione francese in Lombardia (1796-1815) l’Osservatorio era la principale istituzione scientifica di Milano, non solo per la sua attività in campo astronomico, ma anche perché forniva alla società civile una serie di importanti servizi (determinazione del tempo e diffusione del segnale orario, campagne di longitudine e di rilevamento topografico, meteorologia). Ad esempio, fu agli astronomi di Brera che venne affidato il compito di aggiornare la carta geografica della Repubblica Cisalpina (1803-1805).
Ma, oltre ai rapporti istituzionali, ce ne furono anche di personali, a partire dal maggio 1796, quando Napoleone era entrato vittorioso a Milano dopo una guerra-lampo contro gli austriaci; allora era solo un giovanissimo generale, e aveva avuto ordine dal governo rivoluzionario francese di contattare tutti i personaggi importanti della città per convincerli a sostenere il nuovo regime. Una delle prime persone che cercò di persuadere fu Barnaba Oriani, allora l’astronomo di spicco a Brera; e lo fece in modo piuttosto goffo, con una lettera aperta in cui accusava il governo austriaco di aver trascurato le scienze, proclamava un’era di nuova libertà dall’oscurantismo passato e proponeva a tutti gli studiosi di trasferirsi in Francia, vera patria della cultura. Oriani non era affatto d’accordo con questa visione: considerava la scienza un patrimonio di tutta l’umanità e non aveva intenzione di rinnegare il governo che gli aveva permesso di svolgere il suo lavoro per vent’anni; e non esitò a comunicarlo a Napoleone, con una lettera così dura che il luogotenente si rifiutò di consegnarla al Generale, se non ne avesse smorzato i toni.
Un altro episodio di quel periodo è legato alle cosiddette “Pasque veronesi”, la rivolta che scoppiò a Verona contro l’occupazione francese nell’aprile 1797, e che le truppe napoleoniche riuscirono a domare solo dopo una settimana di assedio e di cannoneggiamenti. A Verona risiedeva Antonio Cagnoli, un astronomo dilettante che era apprezzato a livello internazionale e che collaborava anche con Lalande, il direttore dell’Osservatorio di Parigi. Napoleone aveva raccomandato al suo generale Augereau di rispettare la persona e l’attività di Cagnoli, ma durante i combattimenti un proiettile aveva colpito e danneggiato il suo osservatorio. Come atto riparatorio, Napoleone acquistò a spese pubbliche tutti gli strumenti sopravvissuti e li distribuì agli osservatori italiani: anche a Brera fu assegnato un telescopio, che ancora oggi è esposto nella galleria degli strumenti del museo (la macchina parallattica di Mégnié); Cagnoli stesso si trasferì a Milano e per un breve periodo lavorò all’Osservatorio di Brera. Nonostante i rapporti tra Napoleone e Oriani abbiano avuto un esordio così burrascoso, tra i due si stabilì un clima di reciproca stima e rispetto. Napoleone apprezzava le qualità morali e scientifiche di Oriani, che insignì di titoli onorifici e a cui affidò diversi incarichi importanti, come la presidenza della commissione per l’introduzione del sistema metrico decimale e la supervisione della riforma degli ordinamenti delle università di Pavia e di Bologna. Un segno di questo apprezzamento è anche l’orologio che Napoleone donò a Oriani, un pendolo Arnold di grande valore che rimase lo strumento più preciso in dotazione all’Osservatorio fino agli inizi del XX secolo. Un apprezzamento che egli conservò per tutta la vita, perché Francesco Antommarchi, il medico che assistette l’Imperatore durante gli ultimi tempi del suo esilio a Sant’Elena e che fu testimone delle sue ultime confidenze, riporta nel suo diario che “Napoleone aveva conservato un ricordo del tutto particolare di questo celebre studioso; ne parlava sovente, e aveva piacere a ricordare i particolari della prima udienza che gli aveva concesso”.